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Cette étude révèle que les cycles climatiques ont façonné l'histoire démographique et la divergence génomique des moqueurs des cactus en provoquant des goulots d'étranglement suivis d'une expansion, tout en fournissant des preuves génétiques de la séparation de l'espèce *Campylorhynchus affinis* de *C. brunneicapillus*.
Cette étude examine l'influence des processus d'amélogenèse, tels que la digestion enzymatique et la phosphorylation, sur le protéome de l'émail dentaire archéologique afin d'optimiser les analyses paléoprotéomiques et de proposer un nouveau marqueur de détermination du sexe génétique basé sur la phosphorylation.
Le papier présente WINDEX, une nouvelle méthode hiérarchique qui intègre simultanément des statistiques à l'échelle des sites et des fenêtres pour améliorer la détection et la localisation des mutations adaptatives dans les données génomiques, tout en permettant d'estimer la proportion du génome soumis à une sélection positive.
En utilisant un modèle de coévolution imbriqué, cette étude démontre que les coinfections, en favorisant la coexistence locale de souches parasitaires et un effet de sélection de parentèle, sélectionnent une virulence plus faible et une résistance hôte plus élevée que les superinfections, tout en soulignant l'influence cruciale de la structure de contact spatiale sur ces dynamiques.
Cette étude démontre que la vulnérabilité des oiseaux endémiques insulaires tropicaux face au changement climatique est déterminée par leurs traits biologiques et leur histoire démographique, soulignant la nécessité d'intégrer ces facteurs dans les politiques de conservation.
Cette étude révèle que les variants structuraux, notamment les délétions et insertions affectant des gènes liés à la reproduction et à l'adaptation sensorielle, jouent un rôle potentiel dans la spéciation et la divergence reproductive des espèces de cerfs du genre *Odocoileus* en Amérique du Nord.
Cette étude démontre par des simulations que l'évolution de l'immunité adaptative chez les vertébrés a été favorisée non pas uniquement par la menace des parasites, mais par la nécessité de gérer des associations complexes avec des microbes bénéfiques, permettant ainsi d'exploiter ces mutualistes tout en réduisant les risques liés aux infections parasitaires.
Cette étude démontre que l'« biais d'Occam », résultant de l'omission des relations entre prédicteurs dans les modèles linéaires phylogénétiques, fausse les inférences écologiques et évolutives, appelant ainsi à l'adoption de modèles multi-réponses pour mieux capturer les voies causales complètes.
Cette étude démontre que les architectures génétiques des traits liés au cerveau, qu'il s'agisse de troubles psychiatriques ou d'autres caractéristiques, sont façonnées par de fortes contraintes de sélection et de grands cibles mutationnelles, révélant ainsi que les tissus médiateurs influencent fondamentalement la structure génétique des traits complexes.
Cette étude démontre que l'architecture génétique complexe, en particulier la distinction entre les architectures modulaires et corrélées, agit comme un filtre déterminant pour la biodiversité en modulant la coexistence des espèces selon un hiérarchie de facteurs écologiques incluant la sélection, la migration et les interactions biotiques et abiotiques.
Cette étude caractérise le répertoire des gènes TLR chez les élasmobranchs, révélant des schémas d'évolution spécifiques à la lignée, une adaptation sous sélection positive et des associations avec des régions génomiques riches en gènes immunitaires, notamment le CMH.
En intégrant la phénotypie par vision par ordinateur, les études d'association pangénomique et la génomique comparative, cette étude démontre que l'évolution convergente des motifs alaires chez les papillons *Heliconius* résulte de modifications cis-régulatrices distinctes au sein de gènes homologues, illustrant ainsi comment des résultats adaptatifs identiques peuvent émerger par des voies génétiques différentes.
En utilisant des données génomiques massives, cette étude démontre que la diversification des geckos diplodactylidés australiens a été principalement pilotée par l'aridification du continent et les transitions répétées d'un habitat arboricole humide vers des biomes ouverts et arides, favorisant une divergence morphologique au cours des 45 derniers millions d'années.
Cet article présente un cadre unifié d'« analyse d'invasion évolutive structurelle » qui, grâce à l'utilisation d'un déterminant d'invasion et d'une matrice de génération suivante projetée, permet de réduire mathématiquement la complexité des modèles de populations structurées tout en préservant rigoureusement les propriétés des singularités évolutives sous l'hypothèse de sélection faible.
En analysant les profils forebrain de onze espèces vertébrées grâce à des ensembles de gènes évolutivement informés, cette étude révèle que l'évolution du cerveau antérieur repose sur la modulation lignée-spécifique de programmes transcriptionnels profondément conservés au sein d'architectures cellulaires stables, plutôt que sur la création de nouveaux types cellulaires.
Pour résoudre les relations phylogénétiques complexes au sein du clade recalcitrant des clusioides (Malpighiales), les auteurs ont développé un kit de sondes enrichi, Clusioids626, qui combine des cibles universelles et spécifiques pour surpasser le panel Angiosperms353 et révéler un fort conflit cyto-nucléaire.
Cette étude démontre que la structure d'âge des populations hôtes est un moteur écologique majeur de l'évolution de la virulence du virus de la mosaïque du chou, influençant la vitesse de progression de la maladie, la spécialisation des souches virales et les réponses génomiques, ce qui suggère que la manipulation de la pyramide des âges des cultures pourrait orienter l'évolution des virus vers des impacts moins dommageables.
En inférant la distribution des effets de fitness (DFE) chez 38 primates catarrhiniens, cette étude démontre que les variations inter-spécifiques de la DFE sont principalement déterminées par la taille efficace de population (Ne) et non par des effets de lignée, confirmant ainsi la théorie presque neutre et la robustesse de ces conclusions face aux biais démographiques et à la dominance.
En utilisant des expériences d'évolution robotisées sur *Escherichia coli*, cette étude démontre que l'évolution de la résistance aux antibiotiques suit généralement un chemin prévisible, mais que des interactions épistatiques spécifiques à certaines fonctions cellulaires peuvent dévier cette trajectoire et ralentir l'acquisition de la résistance, ouvrant ainsi de nouvelles pistes pour améliorer les traitements.
Cette étude utilise l'ADN ancien de graines de melon de la dynastie Song pour confirmer leur origine asiatique plutôt qu'une domestication indépendante en Chine, et révèle qu'elles étaient consommées comme fruits frais ou culinaires avec des caractéristiques morphologiques et gustatives correspondant aux sensibilités esthétiques de l'époque.